En tant que membre de l'espèce "Capsicum chinense", l'histoire du piment Habanero remonte à 6 500 ans avant J.-C.

Une cosse de "Capsicum chinense" intacte a été trouvée dans les niveaux précéramiques de la grotte Guitarrero au Pérou, indiquant qu'elle avait 8 500 ans. On pense que l'espèce est originaire du bassin amazonien et qu'elle a été progressivement domestiquée au cours de plusieurs millénaires, au fur et à mesure que les habitants ont appris à cultiver et à faire pousser des plantes. Ils ont ensuite pu utiliser la sélection humaine pour produire des versions plus grandes et plus résistantes, et vers 1000 avant J.-C., de nombreuses variétés de "Chinense" ont été domestiquées et se sont répandues dans toute l'Amérique du Sud et centrale, ainsi que dans les Caraïbes. Après avoir atteint les îles des Caraïbes en 1492, Christophe Colomb a rapporté de nombreuses variétés aux Portugais, qui les ont ensuite diffusées en Afrique.

On pense que le Habanero lui-même est originaire de Cuba, puisqu'il porte le nom de la ville cubaine de La Habana, connue aux États-Unis sous le nom de Havane, car elle faisait l'objet d'un commerce important dans ce pays. Il est apparenté au piment Scotch Bonnet (que l'ont trouve en Jamaïque) ; ils ont des types de gousses quelque peu différents mais sont des variétés de la même espèce et ont des niveaux de chaleur similaires.

Le piment Habanero pousse principalement dans la péninsule du Yucatan, au Mexique, d'où il serait originaire, mais il pousse également dans d'autres climats chauds, notamment au Belize, au Costa Rica, dans certaines régions des États-Unis et au Panama, où il est connu sous le nom d'aji chombo.

Une fois que les Espagnols l'ont découvert, ils l'ont répandu partout dans le monde, à tel point qu'au XVIIIe siècle, les taxonomistes pensaient qu'il était originaire de Chine et l'ont donc appelé "Capsicum chinense" ou "piment chinois". La popularité de ce piment est d'ailleurs encore plus grande aujourd'hui.